Shinigami, um deus da morte, deixa cair na Terra um Death Note (caderno da morte), que é encontrado por Light Yagami, um aluno sobre-dutado.
Ao principio, Light julga que é apenas uma brincadeira, mas, para ter certeza decide testá-lo e aí percebe que é bem real.
Light começa a punir assassinos e criminosos violentos, mas após tantas mortes a polícia começa a suspeitar que tem de haver alguém responsavel pelo sussedido.
Então, aí, a força policial começa a trabalhar em conjunto com "L", nomeado o melhor detetive do mundo. Light, agora designado por Kira pelos seus admirados e pela imprensa, continua com o seu objetivo de "limpar" o mundo.
Começa então o "jogo" entre L e Light para ver quem terá a sua identidade descoberta em primeiro. L, com a ajuda do FBI (onde também trabalha o pai de Light), coloca Light como suspeito, controlando-o através de 64 cameras e microfones colocados no seu quarto. Light da conta que esta a sser vigiado por isso toma medidas para continuar com os seus "julgamentos" sem levantar suspeitas.
Como L não encontra atividades suspeitas em Light decide retirar as cameras, mas nao desiste da ideia que ele poderá ser suspeito, por isso decide entrar na mesma universidade que Light com um nome falso (Hyuga Hideki).
L acaba por revelar a sua verdadeira identidade a Light, e aí convida o a entrar para a investigação com a intenção de o continuar a espiar.
Mais tarde, Light e L concluem que há um segundo Kira, que ao contrario do original pode matar pessoas sem ter acesso ao nome da vítima.
Passado uns tempos, uma rapariga (Amane Misa) aparece a Light pedindo para que ele se torne seu namorado e em troca, ela o ajudará a descobrir o verdadeiro nome de L. Mas, L acaba por descobrir a identidade do segundo Kira e prende Misa. Misa entrega o Death Note que possui como parte do plano de Light, perdendo as memorias que tem do caderno.
Com varias suspeitas e evidencias contra si, Light pede a L que o prenda, mas, antes que isso aconteça ele passa o caderno para outra pessoa para que continuo com os julgamentos e enterra o segundo Death Note numa floresta. No tempo em que Light esta preso acaba por perder tambem todas as memorias que tem de Death Note.
Depois de 50 dias de detenção, L é forçado a libertar Misa e Light. L monta um plano para que Yagami Soichiro (pai de Light), fizesse Light e Misa acreditar que L concluiu que Kira é o Light e o segundo Kira é Misa, e levaria os dois ao corredor da morte. Assim se Light realmente fosse Kira não se importaria de matar o seu pai. De qualquer forma, L ainda continua a suspeitar de Light e prende-se a ele com algemas.
Com a ajuda de Misa e os outros membros da equipa, Light e L capturam o novo Kira, Kyosuke Higuchi, membro da Youtsuba.
Quando Light toca no Death Note, todas as memorias voltam, e então secretamnete mata Higuchi.
Light faz com que a equipa de investigação suspeite de Misa novamente, forçando Remu ( Shinigami que acompanhava Misa) a matar Watari, o ajudante de L e o próprio.
Seis anos depois, Light mantém a identidade de L e Kira, diminuindo a crimilalidade no Japão. Muitas pessoas e governantes declararam apoio a Kira e Light esta perto de alcançar o seu objetivo.
Near, (o verdadeiro sucessor de L), entra em contacto com Light e pede a sua ajuda para capturar Kira. Near e seu rival Mello são dois jovens que foram treinados para suceder L. Mello recusa-se a juntar se a Near e acaba por obter um Death Note sequestrando Ygami Sayu (irmã de Light). Quando o Detah Note é recuperado pela policia, Mello consegue descobrir algumas regras do caderno.
Com as informações dadas por Mello, Near suspeita que ele poderá ser Kira. Percebendo as suspeitas, Light pede a Misa que destrua todas as possiveis evidencias contra eles e passe o Death Note para Teru Mikami.
Light entra em contacto com Mikami através de Takada Kiyomi, a escolhida de Mikami para porta-voz que tinha sido namorada de Light na universidade. Light pede para que Mikami escreva os nomes num Death Note falso e mande a lista dos criminosos por e-mail para Takada toda a noite.
O verdadeiro Death Note esta guardado numa caixa num deposito de um banco, e é usado apenas com a ordem de Light. Near observa Mikami e a sua rotina, adquirindo assim o seu Death Note falso.
Near e Light decidem encontrar se para de uma vez por todas verem quem será o vencedor. Light fica confiante que Near encontrou o caderno falso e irá trocar pelo seu proprio para realizar o encontro.
Takada mata Mello com um pedaço de folha do Death Note. Sabendo do sequestro atraves da TV, Mikami vai ao banco para matar Takada e destruir as provas, Light faz o mesmo com o pedaço de Death Note que guardava com ele.
A força policial apercebe-se da mudança na rotina de Mikami e ganha acesso ao verdadeiro Death Note. Comparando os nomes do caderno real com o falso, Near descobre o plano de Light para fazer com que Mikami ande com um Death Note falso para servir de isco. Então, Near troca os cadernos por cópias perfeitas.
Near e Light encontram se num deposito abandonado com as suas equipas. Light planeou que Mikami matasse todos os presentes usando os seus olhos de Shinigami, excepto o Kira. Depois disso, Light chama Mikami para entrar, mas o tempo passa e nignuem morre. Mikami é preso pela SPK e Near revela que obteve o Death Note verdadeiro recentemente. Então, mostra que Mikami tinha escrito os nomes de todos os presentes no local excepto Light. Light finalmente confessa ser Kira e explica qual era o seu objetivo com tudo aquilo. Mas Nera, contraria o dizendo que esse não é o modo certo de fazer justiça e chama o de assassino.
Então Light tenta escrever o nome de Naer num pedaço do caderno que tinha no seu relógio mas, é baleado por Matsuda.
Numa tentativa desesperada para vencer, Light implora para que Ryuuku escreva os nomes no Death Note. Ao ver a situação de Light, Ryuuku escreve o seu nome no caderno. Light implora pela sua vida mas é em vão.
No fim, Near torna-se o novo L e tudo volta ao normal. Matsuda e Ide questionam se que o nivel de criminalidade voltou ao normal e se será certo matar as pessoas que nao estão de acordo com a justiça. Kira ainda arrecada seguidores mesmo estando morto.....
